Los sistemas de clasificación más actuales están basados en las relaciones evolutivas entre los diferentes organismos, es decir, en su filogenia.
Entendemos como filogenia la relación de parentesco entre especies o taxones. La filogenética es la sección de la biología de la evolución encargada de establecer la filogenia, mediante el estudio de las relaciones evolutivas entre distintos grupos de organismos o seres vivos en base a la distribución de los caracteres primitivos y derivados en cada taxón, sus características físicas, a través del uso de matrices de información de moléculas de ADN y de morfología. Con esta información se establecen los árboles filogenéticos.
Se conoce como árbol filogenético a un árbol que muestra las relaciones evolutivas entre varias especies o entidades que, según se cree, comparten una ascendencia común.
Además, el árbol filogenético (denominado también «árbol de la vida «) sirve para establecer el número mínimo de divisiones necesarias para poder obtener una célula o un tejido determinado. Esto permite estudiar, entre otras cosas, las mutaciones que se han generado durante el proceso.
Existen diversos tipos de árboles filogenéticos
El árbol filogenético enraizado es un tipo de árbol directo. Posee un único nódulo correspondiente al ancestro común más reciente de todas las entidades que forman las hojas del árbol.
El árbol genético sin raíz muestra la relación de los nódulos de las hojas, pero sin asumir ningún aspecto de su ascendencia.
Mientras que los árboles sin raíz siempre pueden ser generados a partir de árboles enraizados omitiendo la raíz, una raíz no puede ser inferida a partir de un árbol sin raíz sin algunos medios para identificar la ascendencia. Esto suele hacerse incluyendo un grupo externo en los datos entrantes o introduciendo asunciones adicionales sobre las tasas relativas de evolución en cada rama, como una aplicación de la hipótesis del reloj molecular.
- Cladograma: árbol formado utilizando métodos cladísticos. Sólo representa un patrón de ramificación, la longitud de sus ramas no representa el tiempo.
- Filograma: representa explícitamente un número de cambios de rasgos de carácter a lo largo de la longitud de sus ramas; es el resultado de la aplicación de los principios de la sistemática evolutiva.
- Fenograma: es un dendrograma no enraizado en que se establecen las relaciones de parentesco fenético de los organismos estudiados; surgen de la aplicación de los métodos de la taxonomía numérica.
- Cronograma: es un árbol filogenético que representa explícitamente el tiempo evolutivo proporcionalmente a la longitud de sus ramas.
Por tanto, de los árboles filogenéticos se obtiene una información muy importante de los diferentes organismos.